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论文查重免费版打击学术不端的原理主要是通过文本比对技术，对上传的论文进行全文比对，识别出相似度高的论文，从而有效防范学术不端行为。这种技术能够帮助学术界发现抄袭、剽窃等学术不端行为，维护学术诚信，提高学术水平。通过使用论文查重免费版，可以有效提高学术论文的质量和可信度。